1889年(明治22年)8月11日 甲武鉄道の八王子停車場として開業。1代目駅舎が八王子合同庁舎~都立繊維工業試験場~保健所のあたりに建てられた。
1901年(明治34年)8月1日 現在の場所より西へおよそ150m先の地点(多摩相互病院跡付近(解体済み))へ移動。 2代目駅舎。
1937年(昭和12年) 現在地に移設。3代目駅舎。旧駅跡地は東京都立産業技術研究所八王子庁舎として利用。
1945年(昭和20年)8月2日 空襲にて駅舎焼失。
1945年(昭和20年)10月6日 仮駅舎竣成。
1952年(昭和27年)4月15日 4代目新駅舎竣成。モダンな建築。
1983年(昭和58年)11月 5代目の駅舎となる駅ビル「八王子ナウ」竣工、核テナントとして「八王子そごう」オープン。
2009年(平成21年)8月11日 開業120周年。